嘎呀河国家湿地公园生态系统多样化、空间格局带状分化明显，并且湿地生态系统保存完整，具有典型的河流湿地生态系统特征。湿地公园湿地生态系统由河流、沼泽、草甸等构成，具有多种湿地类型相结合的特点。其中沼泽型的落叶松林、柳灌丛林、苔草沼泽群落等，属于我国北方低位沼泽植被的典型代表。区域内湿地资源丰富，类型多样，共有3大类8个湿地型。其中各类湿地面积519.5hm²，湿地率44.7%。据科学考察表明，区内共记录到野生植物64科308种，其中有国家重点保护野生植物4种。湿地植物占吉林省湿地维管束植物总科数的48.3%，省内湿地植物近半数的物种在该地区均有分布。该区域分布有脊椎动物30目71科206种，占吉林省已知脊椎动物种类总数的35.2%，其中有国家重点保护野生动物26种。